植える位置が悪いとその現象が起きることがありますね
二個植えられていたのが一個しか植えれなくて、場所をずらしつつやったら戻りました
仕様なのか不具合なのかは不明です
リアルでもある、「同じ場所に同じ作物(野菜)を植えるのはよろしくない場合がある」と同じなのかと思って、場所を変えつつ植えてあげてみるとよいかもですよ
それでもだめだったらメールするしかないと思います

サポートで直して貰いましょう。
該当すれば下記注意。
・薬草の根を栽培している。
・１つの薬草から１０を越える作物が取れるバグ薬草が残る。（２０個ぐらいで反応がなくなる）
・バグ薬草が２つ残った状態でリログ、ルーンから出るとたぶん栽培数が１減る。（バグ薬草が残っている。消せません）
・対策はバグ薬草が残ったらノームからクワを買いバグ薬草に使用。バグ薬草は破棄する。

全部該当してるかもしれません
バグっぽいですね＞＜
有難うございました
これをみた運営さんが直してくれることを祈ることにします

以前自分が試したことですが・・・（薬草の根3本を植えられる時に、２本しか植えられなくなる）

ルーンのＮＰＣから（種を売ってるＮＰＣの後ろ？）クワを買って
絨毯爆撃みたいに、細かくクワを使っていきました。

ある場所で（何もない場所、ログアウト・メンテでも何も変わらなかった状況）で
いきなりクワが「消費」されました。
そうしたらまた植えられるように。

バグで、見えない植物が残ってる状態が起きる時があるみたいです。