もっとあるかもわからないけど
自分が感じてるメリット・デメリットとしては

メリット：イベント報酬等で１ID１キャラしか貰えない報酬があるのでID分けしてるとメインもサブもゲット出来る
　　　　　（特にアバター系）
デメリット：ルーンの庭園が別になるのでルーン経験値が別々に溜まる
　　　　　　装備や持ち物のキャラ間で移動させたい場合、ルーン倉庫での移動が出来ないので
　　　　　　同じクラブに所属させてクラブ倉庫使うか、２PC操作で交換で渡すなどしなくてはならない
　　　　　　CCがちょっとめんどくさい

自分的にはこんなもんかなぁ

基本的に上位コンテンツを回すのであれば複数必要ですね。
メリット
・ID毎に制限のあるコンテンツを複数回すことができる（アビス、島ボス、迷宮等）
・誰かに頼まずに必要なバフを自分で補うことができる（いわゆる外バフ）
・時間効率が上がる（何キャラも周回するより1回で終わらせたほうが早い）
・単純にキャラを増やすことができる（１IDではキャラスロ買わないと増やせない）
・新キャラ育成するときにそれぞれのIDで強いキャラいれば引っ張れる（パワーレベリング）

デメリット
・キャラクターをそれぞれ育成する必要がある。（コンテンツ用、バフ用としてもそれに準ずるレベルまで）
・ルーン、カード等が別なためルーン上げや新モンカ作り等手間がかかる。（ルーン倉庫拡張などもある）
・複数PCが必須（PC1つしかない状態で複数IDつくるメリットがほとんどない）

まとめると、メリットはコンテンツが楽で報酬がうまい。デメリットは手間がかかるって感じですね。