作業ゲーでメインキャラがわからなくなる、同感です。わかります。
一応破壊アナイスがメインのつもりなんですが、

OMを使わない無課金プレイで未だに武器だけ210装備。
他のキャラたちは奇跡的に露店で260武器やらベイラスやら買えたのに
未だに武器が弱すぎて上位狩場に行けない始末。
ルベ武器合成２回ほど失敗してやる気激減。
更に打たれ弱いのでベンヤとかロアミニとかやっちゃう。

でも精霊が勝手に攻撃してくれるからラクっていうのと
陣がキレイだから見てて飽きないです。張りまくるの楽しいです。
ってことでメインっぽくないけどメインのつもりです。

ある程度は全部のキャラをやっていながらメインはもともとがテチ、今はクロエな私ですが。
思い入れひとつじゃないかと思います。
サブを作るきっかけがあってメインのレベルを追い抜いてしまっても、それでもメインはテチなんだよ！と言い張っていたこともありますし、実際そんな時期でもテチをやっているのは楽しかった。
クロエが実装されてしばらくはただの劣化黒テチと思ってたけど、、、エピソード２のチャプターが次々と実装されていく中でクロエ様かわいいなぁ・・・と思ってからは劣化の部分すら愛おしく思えてきてDEFを犠牲にしてマナウォールで命をつないで、、、
でもDEFがない（＝HPが少ない）からキャンセルの嵐でやっぱりつらかったけど、それでも愛着がなくなることはなかったなぁ。
むしろその「か弱い感じがいい！」とすら思ってた記憶がｗ
つらかった分だけ必死になったし苦労した分だけ思い出もいっぱいある。
だからこそ強い思い入れがあるんじゃないかな。

原作（ルーンの子供たち）から入ったので、ボリスがメインです。
始めは冬の剣主人公だから、という理由でしたが（主人公好きなので）今ではひたすらにボリス一筋。
主人公なのに主人公してないとか、TWの看板キャラがなぜかルシアンイスピンベンヤになってたりだとか。
不憫な扱いを受けるやつほど返って愛着が湧くと言いますか…。
EP3が実装されて、イソレットと再会できてよかったねとｵﾔｺﾞｺﾛ的心境になってしまいました；
サブキャラはいますが、もしボリスがカンストしてもID内殿堂入りでずっと愛でるんじゃないかなぁ…。

随分前の質問ですが未解決なので・・・・
自分は直感で決めました。
見た目やらなんやら色々理由もありますが、末永く愛せるキャラが直感で「ルシアンだ！」と思ったのです。
突きルシ200越え。今でもルシアン一筋です。