自分なりの考えのため憶測ですみません、ご了承ください

キャラクターによってだと思います
Sがないのはきっとほとんど売れないとかそのたぐいだと思いますが
MRは白テチ、チャントイソ、ハンマーベンヤ、アナイス
これを見ても分かる通り、硬くPOTもさほどかからない等があり優秀です
そこで自分で持ってた人のMR強化をしたためかと思います
HやIはさほど買われていないとか、火力の関係上とかそういうのかなと
クロエに至ってはマナウォの関係上ちょっとやそっとでは９０%以上のカットができないため無謀だというのもあり使う人（買う人と言っていいかな）もごく一部で手を出そうとはしない。
Hもエンドに行けそうなのはリーチェという事もありこれも自分で使うという人がいても買うという人は極一部だからではないでしょうか
需要は多いものの値が張ることから今のところ残っているというだけだと思いますよ

＊インクリで上限にしないときついとかがあるのでそこも相まってHとIは値も張るし売れていないとかではないかとも思っています

16周年イベント開始の時からその傾向にありましたよ
当時選択ボックスの取得条件は課金箱のクーポン200枚との交換でなので
課金箱５万NP分開ければ無条件でもらえるものでした
無条件で手に入るから+16カードが欲しい人は自力で手に入れますし
OMに出す人は一番売れる見込みがあるHかIを出すので
結果Hが大量にあってIがそこそこあり
多分「曖昧な～」から運よく出た人がまれにSやMを出してた状態でした
つまり当時から需要/供給の差が激しすぎたため今に至るものだと思います

ちなみにそう言える証拠がOMの値段でも言えます
参考までに15周年時の+15カードが「曖昧な～」からしか手に入らなかったときは
H+15に限るとイベント開始直後は2万NP前後で売れてたのに
イベント終了間近になると2.5万NP前後で売れ
イベント終了後で4万NP弱でも売れてる状態でした
それに対して今回のH+16はイベント時で1.7万～2万で出回っていたののに
イベントが終了してから1.6万前後でしか売れない状態が一か月も続きましたよ
その間にSやMを見たのは一回か二回でした

いまいち理解しきれてませんが・・・
Sは需要なし
MRは優秀だし欲しい人は自分で入手してるし使ってる（もう強化し終わってる
H/Iは人気なので供給過多、値段もそれなりなのでマケには常時ある
って感じですかね
よくよく考えたらMRは鎧の強化にも使うのかな？そこまでお金かけてる人がどれだけいるか分かりませんが・・・

>>当時選択ボックスの取得条件は課金箱のクーポン200枚との交換でなので
120で交換でしたけど・・・

すみません　クーポンに関しては自分の記憶違いで
そしてSやMに関しては説明が足りませんでした

課金箱を買う理由は人それぞれですが３万NP分買えば無条件でｶｰﾄﾞか手に入る場合
ｶｰﾄﾞが目的でなければたいていOM売り用に考えるはずです
それでカードの種類が選べるなら需要があって高値で売れるHやIはいいとして
需要がなくて安値でしか売れないSやMを選ぶ人がいるでしょうか？

つまり交換ボックスからOM目的でSやMを選ぶ人が（多分）いなかったため
需要/供給以前に供給そのものが皆無だったからだと思います