旗取りがもしかしたら復活するかも知れないという期待感。
旗取りを撤去するには旗取りワープアイテムを削除しなければ行けないというシステム的な問題。
EP1のエンディングであるベンヤの部屋も今でも行ける。
正直、制作者の意図は分らないから推測でしかない。

ワープそのものは、ワープゾーンに行く必要性が無くなった。
以前からあらある全マップ表示機能に統合されたから、マップ表示すればどこでもワープが出来る。
Shift+M
いままでワープアイテムでもワープ出来なかった場所からでも出来るようになっている。
そういう意味では、旗取りワープの意味はほぼ無くなった。

あとは10年後のEP5あたりで、旗取り復活を待つだけ。