少し前の質問掲示板でも書きましたけど　まずは画面右のカラーになってるメニューバーの中の
遠隔クエストを開け　その中のミッションクエストを一つづつクリアすることですね
そしてLvを上げていくとミッションクエストと別に新たなエリアの侵入クエスト等も追加されるので
それもクリアすることですね

そのほかに遠隔クエストの　酒熊博士からの手紙　のｶｰﾄﾞ関係のクエストで
多くのルーン経験値が入って少しルーンLvが上がるので　ルーンスキルを使うために
メニューバーのルーン情報からルーンの業績に入って業績をクリアできるものはしておく
また　ネニャフルのイセルダから貰えるバフスクロールが今後必須アイテムになるので
大量取得のためにもネニャフルの外にある講義時間割から講義を欠かさずにすることですね

このゲームって
CP（チャプター）なるものはあるんだけど
ぶっちゃけ基本的なメインストーリーってものが
無いっちゃ無いので確かに新規で初めてプレイする人は
最初は何したらいいのか迷いますな

ある時から、このゲームは３００LV超えてからもしくはカンストしてから
スタートって言われるようになってて、正直カンストするまで序盤と言っても過言ではなく
序盤はひたすらレベル上げ
質問者さんの言うように漠然とレベルを上げる、それに尽きます
そのレベルの上げ方としては、レベル２００超えるまではひたすら影塔
２０５になったら遠隔クエストからデリンセヒル侵入クエ
侵入クエクリアすると報酬で経験値とseedが手に入りレベルは２つ３つ上がったかな
そのまま少し影塔でもデリででもレベ上げして次はシオカン侵入クエ
それもクエクリアすると経験値とseed入ってそこでも２つ３つくらい上がったはず