クラブダンジョンに限らず結構報告されているバグのようです。
私もなったことがあります。

［システム］イソレットのスキルスロットについて
というスレッドにて一応の回避方法が回答されていますが物理だとすべては戻せませんね・・・。
クラブダンジョンだとリログもできませんしね＾＾；
運営に報告して修正を待つのが良いと思います。

朝風さんが行っているので解決はできますが、
物理のバックステップ？だかというスキルマスターレベルが1のだけ変えることが着ないみたいです。
そのほかは臨時的に下げて戻すと出てくるので、物理だったらバックステップ？をあきらめて
あるものだけでやるほかないと思います。

インスタンスダンジョンとクラブダンジョンだと出るしかないから直すことはできないですが、
デリンセやシオカンなどであればサーバー地域を跨ぐと戻ることがありますよ。
デリンセだったら一回高原に出て入ると直ったりしますので参考までに

ログインした時にルーンの庭園いってスキル確認してみて、なかったらリログするなどしたら良いと思います！
ゲーム始めたときに使えれば、そのログイン中は基本的には使えなくなったりはしないと思います。
なのでログイン時に１回確認するようにしたら良いと思います！