PCで起動(タスクマネージャーも含め)を終えていても、TWサーバー内部で起動中だと出ます
処理がまだ出来ず、クライアントが起動中に同じPCで同じTWIDに入ったときに起こることが多いです
ネクソンIDのログイン後としてTWIDが入れないということであればの方法ですが、
もう一度ゲームスタート(クライアント立ち上げ)しなおして、入りなおすとIN出来ることがありますよ。

まだ起動中だったものに一度落とし、再度起動させ直すという仕組みのようです。
これは垢ハク用の処理なのか、何なのか分かりませんが・・・。


ただ、ゲームスタート時に出たことがないのでそこで出たとなると分かりません

どのような状況での表示なのかわかりませんが、TWクライアントがエラー落ちしたり、クライアント終了時にうまくプロセスが終了しなかった際などに次にクライアントを実行した時に「既に実行中ですよ」的なメッセージが出る事があります。
タスクマネージャーからプロセスタブを開いた画面のイメージ名に"InphaseNXD.EXE"というのが残ってしまっているとそうなりますので手動でプロセスを終了してあげる必要があります。