アンプルとは使用したアンプルに対応した属性効果を無属性スキルに一定時間付与する事ができるアイテムです。
リーチェのスキルはすべて無属性のため、オニックスアンプルを使うと装備についている黒属性分をスキルに付与することができるようになります。
属性値は敵との差が大きくなるほど与ダメージが増えるものです。

2種類のどちらのアンプルを使うといいかとのことなのですが
「オニックスアンプル」と「精製されたオニックスアンプル」のことでしょうか？
「オニックスアンプル」と「精製されたオニックスアンプル」の違いは効果時間です。
効果内容については差はないです。
「オニックスアンプル」は効果5分、「精製されたオニックスアンプル」は効果1時間となっています。

値段が違うのでどちらがいいかは場合によると思いますが自分は使い分けとか面倒なので精製されたほうだけ使ってます。
アンプルは死亡で効果切れたりするのでseedを節約するなら頻繁に死ぬ場所やちょっとしたボスは5分の方、長時間狩りなら1時間の方と使い分けてみるのもいいかもです。