アノマラドマップ以外の敵はそのままですが、イソ実装前から休止されていたのなら、一部のドロップは変更有です

ダンジョンから落ちるものは、クラブダンジョンでないとレアは落ちません
さらに、以前のマップで同一マップにLv違いの同じモンスターが配置されていた場合、クラブダンジョンでは片方しか出ないので、狙えないレアがあります
たとえば、海底1の弱ウィンキィから出るウィンキィ帽子などがそうです

また、一部の敵が再配置されており、蝶の木の森にラルヴァなどがいますが、そこのグランドラルヴァから命中の指輪などのドロップは確認しています

一部のアイテムは上の方が回答している通りですが、そもそも根本的な部分で今はそれらの装備をあまり必要としない物に変わっています。
装備ボックスから適正レベルの装備が出る上に、昔ほど狩り主体でのレベリングを必要とせず、クエストが主体になっている為です。着ぐるみや極命中などを使って多少背伸び狩りをする事も可能ですが、適正レベルのクエストを進行していくのと大差ない効率しか出ないと思います。